Jiquipilco fue una población construida por otomíes que aparecen en el año 1274 A.C.
Las hordas otomiánas que se implantaron en la serranía de Jiquipilco, sobrevivieron con la recolección de frutas silvestres y con la caza de animales como el mamut.
En 1478 fecha en la que ocurre la invasión azteca al valle matlatzinco hace su aparición azayacatzin príncipe azteca quien tuvo un combate personal con Tlilcuetzpalin “Lagartija Negra”, cuyo triunfo estuvo a favor del gobernante de Xiquipilco, mediante un combate de tajo que le practicó en una pierna y que lo dejó inválido para el resto de sus días.
A la llegada de los españoles a tierras del Valle de Toluca, Gonzalo de Sandoval, conquistador incansable quien era el brazo derecho de Hernán Cortés, se comprometió a que en menos de 15 días sometía a la provincia de Xiquipilco, pero se topó con un pueblo habitado por hombres recios que preferían morir en el campo de batalla antes de verse vencidos y doblegados.
En el enfrentamiento entre otomíes y españoles hace su aparición un notable guerrero de esta pequeña patria a quien se le conocía con el seudónimo de “Cabeza de Piedra”, que era muy hábil en el manejo de la honda, “Cabeza de Piedra” junto con otros de sus compañeros les causaron una considerable baja de corceles y gente al ejercito.
La parroquia de San Juan Bautista fue fundada en 1592.
Fundación del pueblo el 6 de marzo de 1593. Erección del municipio: el 27 de Septiembre de 1822 como entidad dependiente del imperio de Iturbide.
1927 colocación del reloj de la torre de la iglesia de San Juan Bautista.
La gente humilde vivía en chozas de palizada, con techo de techo de tejamanil, las casas del centro del pueblo eran de adobe con amplios corredores los que lucían hermosos geranios.
